台灣光復之初，藥界仍係一片荒蕪待墾之地，政府遷台之後為建立完整之醫療體系，對藥事人員之需求極為迫切。教育部乃於民國四十二年八月核准台灣大學醫學院設立藥學系，並於當年招收第一屆學生三十二名，此為台灣最早成立之公立藥學校。
本系在所有老師及同仁的努力經營下，作育英才，自創系迄今，歷經四十二年，已有畢業生三十九屆，共計約一千八百名，其中約半數留國內，半數則留美、日、歐，或返回僑居地；本系畢業生在藥學相關領域深造，獲得博士學位者超過二百五十人。旅居海外系友有成為國際知名藥學科技專家學者，有從事較學研究者，有位居藥廠部門主管者，有位居政府衛生部門要津者，亦有自行創業成功者，比比皆是。國內系友，不論從事藥學教育，藥事服務、製藥工業、醫藥衛生行政、 創業與藥品行銷等均有傑出之貢獻。
